附則（共兩條）。包括授權條款、施行時間、廢除文件和新舊銜接條款。
——摘自國家稅務總局關于《印發(fā)〈跨地區(qū)經營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法〉的公告》的解讀

2、匯總納稅的分支機構是否需要進行年終匯算清繳？
答：《辦法》第十條規(guī)定，匯總納稅企業(yè)應當自年度終了之日起5個月內，由總機構匯總計算企業(yè)年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照本辦法規(guī)定的稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業(yè)所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。
匯總納稅企業(yè)在納稅年度內預繳企業(yè)所得稅稅款少于全年應繳企業(yè)所得稅稅款的，應在匯算清繳期內由總、分機構分別結清應繳的企業(yè)所得稅稅款；預繳稅款超過應繳稅款的，主管稅務機關應及時按有關規(guī)定分別辦理退稅，或者經總、分機構同意后分別抵繳其下一年度應繳企業(yè)所得稅稅款。

因此，與舊政策不同，匯總納稅的分支機構需要按規(guī)定進行年終匯算清繳。

3、新政策中對分支機構計算分配比例的三項因素是否有新規(guī)定？
答：《辦法》第十七條前三款規(guī)定，本辦法所稱分支機構營業(yè)收入，是指分支機構銷售商品、提供勞務、讓渡資產使用權等日常經營活動實現(xiàn)的全部收入。其中，生產經營企業(yè)分支機構營業(yè)收入是指生產經營企業(yè)分支機構銷售商品、提供勞務、讓渡資產使用權等取得的全部收入。金融企業(yè)分支機構營業(yè)收入是指金融企業(yè)分支機構取得的利息、手續(xù)費、傭金等全部收入。保險企業(yè)分支機構營業(yè)收入是指保險企業(yè)分支機構取得的保費等全部收入。
本辦法所稱分支機構職工薪酬，是指分支機構為獲得職工提供的服務而給予各種形式的報酬以及其他相關支出。
本辦法所稱分支機構資產總額，是指分支機構在經營活動中實際使用的應歸屬于該分支機構的資產合計額。

因此，自2013年開始，企業(yè)應按照上述對三項因素的新規(guī)定對分配比例進行計算。

4、匯總納稅企業(yè)當年的分配比例是按照什么時點的三項因素進行計算的？需要分段計算么？
答：《辦法》第十七條第四款、第五款規(guī)定，本辦法所稱上年度分支機構的營業(yè)收入、職工薪酬和資產總額，是指分支機構上年度全年的營業(yè)收入、職工薪酬數(shù)據(jù)和上年度12月31日的資產總額數(shù)據(jù)，是依照國家統(tǒng)一會計制度的規(guī)定核算的數(shù)據(jù)。
一個納稅年度內，總機構首次計算分攤稅款時采用的分支機構營業(yè)收入、職工薪酬和資產總額數(shù)據(jù)，與此后經過中國注冊會計師審計確認的數(shù)據(jù)不一致的，不作調整。

因此，自2013年開始，匯總納稅企業(yè)當年度的分配比例不需要分段計算，均采用上年度全年的營業(yè)收入、職工薪酬數(shù)據(jù)和12月31日的資產總額數(shù)據(jù)。

5、新成立的分支機構，沒有上年度的三因素數(shù)據(jù)，如何參與分配？
答：《辦法》第五條第三款規(guī)定，新設立的二級分支機構，設立當年不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。

因此，當年新設立的分支機構應于設立次年開始參與計算分配比例。
 
6、企業(yè)如果出現(xiàn)了分配比例計算有誤，導致季度預繳的時候各分配機構分別存在多繳和少繳的情況，怎么處理？
答：《辦法》第二十條規(guī)定，匯總納稅企業(yè)未按照規(guī)定準確計算分攤稅款，造成總機構與分支機構之間同時存在一方（或幾方）多繳另一方（或幾方）少繳稅款的，其總機構或分支機構分攤繳納的企業(yè)所得稅低于按本辦法規(guī)定計算分攤的數(shù)額的，應在下一稅款繳納期內，由總機構將按本辦法規(guī)定計算分攤的稅款差額分攤到總機構或分支機構補繳；其總機構或分支機構就地繳納的企業(yè)所得稅高于按本辦法規(guī)定計算分攤的數(shù)額的，應在下一稅款繳納期內，由總機構將按本辦法規(guī)定計算分攤的稅款差額從總機構或分支機構的分攤稅款中扣減。

因此，存在因分配比例計算有誤導致季度預繳稅款不準確的，可按上述規(guī)定在下一稅款繳納期進行調整。

7、匯總納稅企業(yè)發(fā)生財產損失，需要稅前扣除，是否有特殊規(guī)定？
答：《辦法》第二十五條規(guī)定，匯總納稅企業(yè)發(fā)生的資產損失，應按以下規(guī)定申報扣除：
（一）總機構及二級分支機構發(fā)生的資產損失，除應按專項申報和清單申報的有關規(guī)定各自向所在地主管稅務機關申報外，二級分支機構還應同時上報總機構；三級及以下分支機構發(fā)生的資產損失不需向所在地主管稅務機關申報，應并入二級分支機構，由二級分支機構統(tǒng)一申報。
（二）總機構對各分支機構上報的資產損失，除稅務機關另有規(guī)定外，應以清單申報的形式向所在地主管稅務機關申報。
（三）總機構將分支機構所屬資產捆綁打包轉讓所發(fā)生的資產損失，由總機構向所在地主管稅務機關專項申報。

二級分支機構所在地主管稅務機關應對二級分支機構申報扣除的資產損失強化后續(xù)管理。

因此，匯總納稅企業(yè)發(fā)生財產損失稅前扣除時，總分機構均應按上述規(guī)定進行申報。

8、小型微利企業(yè)，稅款很少，總分支機構分配繳稅很麻煩，可不可以不分配？
答：《辦法》第五條第二款規(guī)定，上年度認定為小型微利企業(yè)的，其二級分支機構不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。
 
9、新政策規(guī)定當年注銷的分支機構是否參與分配稅款？
答：《辦法》第五條第四款規(guī)定，當年撤銷的二級分支機構，自辦理注銷稅務登記之日所屬企業(yè)所得稅預繳期間起，不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。
第十五條第三款規(guī)定，分支機構分攤比例按上述方法一經確定后，除出現(xiàn)本辦法第五條第（四）項和第十六條第二、三款情形外，當年不作調整。

因此，當年有注銷分支機構的情況，與舊政策規(guī)定不同，注銷的分支機構應自辦理注銷稅務登記之日起不就地分攤繳納企業(yè)所得稅，并且調整總分公司的分配比例，此分支機構也不再參與分配比例的計算。
 
10、新政策下發(fā)后，總分機構應該在什么時候備案分配表？
答：《辦法》第九條第一款規(guī)定，匯總納稅企業(yè)預繳申報時，總機構除報送企業(yè)所得稅預繳申報表和企業(yè)當期財務報表外，還應報送匯總納稅企業(yè)分支機構所得稅分配表和各分支機構上一年度的年度財務報表（或年度財務狀況和營業(yè)收支情況）；分支機構除報送企業(yè)所得稅預繳申報表（只填列部分項目）外，還應報送經總機構所在地主管稅務機關受理的匯總納稅企業(yè)分支機構所得稅分配表。

因此，企業(yè)應在預繳申報同時報送匯總納稅企業(yè)分支機構所得稅分配表，不需另行備案。

11、企業(yè)在季度申報時需要報送上一年度的財務報表，年報時也需要報送，這不是重復報送嗎？
答：《辦法》第九條第二款規(guī)定，在一個納稅年度內，各分支機構上一年度的年度財務報表（或年度財務狀況和營業(yè)收支情況）原則上只需要報送一次。
因此，匯總納稅企業(yè)在首次執(zhí)行《辦法》時需要在季度申報時報送上一年度的財務報表，以后在年終匯算清繳時報送當年的財務報表即可。

12、新成立的分支機構，是否可以申請核定征收企業(yè)所得稅？
答：《辦法》第三十一條規(guī)定，匯總納稅企業(yè)不得核定征收企業(yè)所得稅。
因此，分支機構應該按規(guī)定匯總納稅計算繳納企業(yè)所得稅，不得核定征收企業(yè)所得稅，應按規(guī)定匯總納稅。

13、新政策下發(fā)后，企業(yè)在2013年初進行2012年度匯算清繳時是否要按新政策規(guī)定執(zhí)行？
答：《辦法》第三十三條規(guī)定，本辦法自2013年1月1日起施行。
因此，匯總納稅企業(yè)2012年度企業(yè)所得稅匯算清繳時仍適用國稅發(fā)[2008]28號文件，不適用本《辦法》。