根據(jù)以上規(guī)定，個人名下的商業(yè)用房轉(zhuǎn)讓的計算扣除三種方式：
1、按評估價格，建筑物按重置成本*成新率 土地價格(有票)，若土地成本沒票，則評估價格=建筑物評估價格(建筑物按重置成本*成新率)，即土地成本不能扣除;
2、沒評估價，有發(fā)票的，按發(fā)票金額 發(fā)票金額*5%*年數(shù)(不足半年按半年算，夠半年不足一年按一年算)。
3、既無評估價格又無發(fā)票的可以核定征收，具體比例由當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)機關(guān)根據(jù)市場情況核定。
但現(xiàn)實業(yè)務(wù)中核定征收的情況非常有限。
4、個人所得稅：按財產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得，即(收入-可扣除成本費用-稅金)*20%
(二)舉例：
李先生2018年在省會城市購商鋪1000平米，此商鋪為老項目，含稅單價3.15萬元/平米，繳納契稅90萬元，發(fā)生裝修成本50萬元，于2020年7月份出售，含稅價格為3.675萬元/平米，支付過戶費5000元，計算李先生在轉(zhuǎn)讓商品過程中應(yīng)交的各項稅金。
李先生應(yīng)繳納的各項稅費如下：
1、增值稅：(3.675-3.15)/1.05*1000平米*5%=500*5%=25萬元
2、城建稅：25*7%=1.75萬元
3、教育及地方教育附加：25*(3% 2%)=1.25萬元
4、印花稅：3675*5/10000=1.84萬元
5、土地增值稅：
扣除金額=(1000*3.15/1.05 90 50 1.75 1.25 0.50 1.84)=3145.34萬元
增值額=3.675/1.05*1000-3145.34=354.66萬元
增值率=354.66/3145.34*100%=11.28%
適用30%稅率，土地增值稅=354.66*30%=106.40萬元
6、個人所得稅
所得額=3.675/1.05*1000-(3145.34 106.40)=248.26萬元
應(yīng)交個人所得稅=248.26*20%=49.65萬元
李先生應(yīng)繳納各項稅費合計：25 1.75 1.25 1.84 106.40 49.65=185.89萬元
總結(jié)：
李先生投資3290萬元，盈利3675-3290-0.5=384.50元，所交稅金為185.89萬元，占利潤比：185.89/384.5*100%=48.35%，接近利潤的一半，稅負(fù)非常重。
(三)稅款繳納與發(fā)票開具
個人名下的商業(yè)用房轉(zhuǎn)讓在不動產(chǎn)坐落地主管稅務(wù)機關(guān)繳納各項稅費。
根據(jù)稅總函[2016]145號文件，《國家稅務(wù)總局關(guān)于營業(yè)稅改征增值稅委托地稅局代征稅款和代開增值稅發(fā)票的通知》第二條第(四)款，增值稅小規(guī)模納稅人銷售其取得的不動產(chǎn)以及其他個人出租不動產(chǎn)，購買方或承租方不屬于其他個人的，納稅人繳納增值稅后可以向地稅局申請代開增值稅專用發(fā)票。個人屬于小規(guī)模納稅人，購買方非自然人的可以代開專用發(fā)票。全國稅務(wù)機關(guān)納稅服務(wù)規(guī)范3.0版明確規(guī)定，其他個人銷售其取得的不動產(chǎn)和出租不動產(chǎn)，購買方或承租方不屬于其他個人的，納稅人繳納增值稅等稅費后可以向不動產(chǎn)所在地主管稅務(wù)機關(guān)申請代開增值稅專用發(fā)票。
